Detección de patógenos mNGS basada en cfDNA
Literatura: Análisis y validación clínica de ensayos de secuenciación de ADN libre de células microbianas para enfermedades infecciosas.
Chino: Análisis de aplicaciones y verificación clínica de la secuenciación de ADN libre de células microbianas en la detección de enfermedades infecciosas
Revista: Nature Microbiology
Hora: 2065 438+2009 febrero
Autor: Departamento de Medicina de Emergencia, Universidad de Stanford
Resumen:
Se sabe que miles de patógenos infectan a los humanos, pero solo un pequeño número puede identificarse fácilmente por los métodos de diagnóstico existentes. La secuenciación del ADN libre de células de microorganismos ofrece la posibilidad de identificar de forma no invasiva infecciones generalizadas en todo el cuerpo, pero es necesario abordar los desafíos de las pruebas metagenómicas clínicas. Aquí, describimos la validación analítica y clínica de un ensayo de secuenciación de próxima generación que identifica y cuantifica el ADN libre de células microbianas en el plasma de 1250 bacterias, virus de ADN, hongos y parásitos eucariotas clínicamente relevantes. La exactitud, precisión, sesgo y solidez de la prueba de provocación multigenoma específica se determinaron mediante determinantes clave del rendimiento simulado para 13 microorganismos en 358 muestras de plasma artificial, 2625 infecciones simuladas de silicona y 580 muestras de investigación clínica. De 350 pacientes con alertas de sepsis, las pruebas fueron consistentes con los resultados de los hemocultivos en el 93,7%, y se encontró que las causas independientes de alertas de sepsis eran más comunes que todas las pruebas microbiológicas combinadas (169 pruebas de patógenos versus 132 pruebas de patógenos). Entre 166 muestras que no se determinó que fueran la causa de la sepsis sin ningún método de prueba, la secuenciación encontró que el ADN libre de células microbianas estaba presente en 62 muestras, posiblemente de organismos comensales y hallazgos incidentales no relacionados con las alarmas de sepsis. El análisis de las primeras 2.000 muestras de pacientes analizadas por los laboratorios CLIA mostró que más del 85% de los resultados se enviaron el día después de recibir las muestras y el 53,7% de los informes identificaron uno o más microorganismos.
Revisión de la literatura
Literatura: Una prueba potente y no invasiva para descartar infección
Un método potente y no invasivo para detectar infección.
Revista: Nature Microbiology
Hora: 2065 438 + marzo de 2009
Unidad: Universidad de East Anglia, Reino Unido
Resumen:
El método desarrollado por Karius puede identificar y cuantificar 1.250 patógenos clínicamente relevantes, entre ellos bacterias, hongos y parásitos. La secuenciación se dirige al ADN libre de células (cfDNA) en plasma. Otra aplicación bien conocida del cfDNA es el diagnóstico prenatal no invasivo. El análisis de los resultados de la secuenciación se basa en 21.000 genomas microbianos de referencia, a los que se asignarán secuencias de ADNcf para identificar la presencia de 1.250 microorganismos. El método es un 28% más sensible que los métodos tradicionales y es adecuado para uso clínico, pero todavía tiene ciertas limitaciones en términos de costo, tiempo de respuesta y especificidad.