El valor agregado dice que las facturas especiales son guardadas por personal dedicado, entonces, ¿cómo debería la empresa llevar las cuentas y cómo deberían reducirse los depósitos bancarios?

Sólo cuando expliques claramente el negocio podrás responder.

Recibir factura,

Débito: cuenta correspondiente

Impuesto a pagar - IVA a pagar (entrada)

Préstamo: Depósito bancario

Anotar la factura,

Débito: depósito bancario

Préstamo: ingreso del negocio principal

Impuesto a pagar - por pagar Pagar impuesto al valor agregado (salida )