Existen varias diferencias clave entre la auditoría interna y la auditoría de CPA.
1. La independencia de la auditoría es diferente. La auditoría interna está dirigida directamente por departamentos y unidades y solo enfatiza la independencia relativa de otros departamentos funcionales, lo cual es diferente de la auditoría CPA independiente bidireccional.
2. Los métodos de auditoría son diferentes. La auditoría interna se realiza de manera consciente de acuerdo con las necesidades de operación y gestión del departamento y puesto, mientras que se encomienda la auditoría por contadores públicos autorizados.
3. El contenido y el propósito de la auditoría son diferentes. El contenido de la auditoría interna es principalmente revisar la implementación de diversos sistemas de control interno y proponer diversas medidas de mejora; la auditoría de los contadores públicos certificados se basa en normas de auditoría independientes, se centra principalmente en los estados contables y expresa opiniones de auditoría sobre los estados contables auditados.
4. Las responsabilidades y roles de auditoría son diferentes. Los resultados de las auditorías internas sólo son responsables ante los departamentos y unidades y no pueden utilizarse para verificación externa. Se mantiene confidencial para el mundo exterior; sin embargo, la auditoría realizada por un contador público autorizado debe ser responsable ante los inversores, los acreedores y el público, y el informe de auditoría emitido externamente tiene efecto de certificación.
5. El tiempo de revisión es diferente. Las auditorías internas suelen realizar auditorías periódicas o irregulares de las organizaciones internas de la unidad, con cronogramas flexibles las auditorías realizadas por contadores públicos certificados suelen ser auditorías periódicas, y los estados financieros de la unidad auditada se auditan una vez al año;
6. Siguen diferentes estándares de auditoría. Los auditores internos siguen las Normas de Auditoría Interna; los CPA siguen las Normas de Auditoría de CPA.