Honores académicos de Weng Qihui
1986-1991, Premio al Descubrimiento de Investigación de Jóvenes Líderes, Premio Presidencial de Estados Unidos a la Juventud Destacada en Química (Joven Investigador Presidencial en Química).
En 1993, Premio Académico A. C. Cope de la Sociedad Química Americana.
En 1994, fue elegido vigésimo académico de la Academia Sínica, R. O. C., y recibió el Premio Internacional de Carbohidratos de la IUPAC.
En 1995, Premio Wolfram de la División de Carbohidratos
En 1996, fue elegido miembro de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias.
En 1998, Premio Harrison Howe en Química
En 1999, Premio Claude Hudson en Química de Carbohidratos,
En 2000, Premio Internacional de Ingeniería Enzimática〈The International Premio de Ingeniería Enzimática>, Premio Presidencial de Química Verde
El 30 de abril de 2002, fue elegido miembro de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU. (Miembro de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU.).
En 2005, Premio de la Sociedad Química Estadounidense al Trabajo Creativo en Química Orgánica Sintética.
En mayo de 2006, fue elegido nuevo "Presidente de la Academia Sínica".
En enero de 2014 ganó el Premio Wolf de Química.