Es muy lento instalar Kali en una unidad flash USB usando una máquina virtual.
Pero si arrancas con PE, verás el disco USB. Debido a que PE es un sistema Windows, tendrá la función de reconocer otros formatos de archivos. Puede particionar el disco USB en PE.
Para usar Linux, debes entender completamente Linux. Recomiende un libro: "La cocina privada del hermano Bird de Linux".
Es un libro muy básico, lo entenderás después de leerlo.