Mi sistema tiene una función, escrita en Java, que proporciona una interfaz para que otros llamen y consulten.

MD5 es un algoritmo de cifrado asimétrico y es irreversible. ?Entonces, después de que alguien cifra las condiciones de consulta y se las pasa usando MD5, ?no hay forma de revertir el contenido cifrado a condiciones de consulta reales.

Puedes cambiar a un algoritmo de cifrado simétrico, que se puede revertir. Como DES, AES y otros algoritmos.